В 1293 году татарский набег разорил монастырь, и только во времена правления Ивана Грозного он возродился: возвели башни и каменные стены монастыря. Во время войны с Наполеоном монастырь был разграблен, а на его территории были устроены склады и скотобойня. В русско-турецкую войну здесь располагался госпиталь. В 1931 году монастырь закрыли и в нем организовали колонию для несовершеннолетних преступников. Оставался действующим храм Воскресения Словущего в Даниловской слободе, который расположен за территорией монастыря. В 1983 году Свято-Данилов монастырь возвратили Церкви. И через пять лет в нём, уже полностью восстановленном, состоялось празднование 1000-летия Крещения Руси.

На одном из древнейших кладбищ Москвы, в Свято-Даниловом монастыре, обрели своё последнее пристанище иерархи Церкви, российская аристократия: Волконские, Голицыны, Львовы, Вяземские, Мещерские, Дашковы, Ермоловы, Горчаковы; деятели культуры и писатели: Николай Гоголь, Николай Рубинштейн, Василий Перов и другие.

Монастырь очень красивый, с множеством соборов, с очень милой, похожей на свечку, Поминальной часовней. Здесь можно услышать сладостные звуки колоколов, доносящиеся с монастырской колокольни. Можно подняться по деревянным скрипучим лестницам на стены и башни монастыря.

В Троицком соборе находятся чудотворные иконы: преподобного Иоанна Кассиана Римлянина (XVIII век) и Божией Матери «Троеручица» (XVII век).

Сразу у входа продают сувениры, свечи, мёд, травы, чаи и свежевыпеченные булочки.