В 1840-1842 годах это здание покупает университет, и оно перестраивается архитектором А.Ф. Щедриным в духе Петербургского необарокко: двухцветные фасады с лучковым фронтоном и огромным залом в центре здания с полуциркульными высокими окнами и трёхмаршевой главной лестницей. Этот Ректорский флигель, перестроенный в стиле примыкающего к нему здания «двенадцати коллегий», стал первым подобным зданием в Российской империи. Но знаменит этот дом не только своей архитектурной уникальностью, но людьми, проживавшими в нём.

Поскольку дом предназначался для ректора и его семьи, в нём в середине XIX века проживал ректор Петербургского университета, поэт П. А. Плетнев. Потом на этом посту и в ректорском доме его сменил учёный-ботаник А.Н. Бекетов. Но более всего дом известен благодаря рождению в нём внука Бекетова, будущего великого русского поэта Александра Блока. Об этом событии свидетельствует мемориальная доска.

Саша рос в этом доме без отца, тиранию и насилие со стороны которого не вытерпела мать Александра и его дедушка, выгнавший зятя из дома. Говорят, маленький Саша больше всего любил в этом доме комнату бабушки, где мог часами стоять на подоконнике, глядя на Неву и ожидая полуденного выстрела из пушки Петропавловской крепости. Во дворе этого дома в возрасте трёх лет мальчик познакомился со своей будущей женой Любочкой Менделеевой, дочерью знаменитого ученого.

Сейчас в здании нет ничего, напоминающего о тех годах и событиях. Оно частично перестроено, разделено на небольшие кабинеты, где располагаются административные службы университета.