Известное и почитаемое жителями Санкт-Петербурга место — Свято-Иоанновский монастырь, который был основан праведным отцом Иоанном. Даже в то время, когда Россия находилась под коммунистическим гнётом, велась беспощадная антирелигиозная деятельность и крутились жернова дикой пропаганды, монастырь верой и правдой служил спасению людских душ.

Закладка фундамента будущей обители состоялась в 1900 году. Поначалу отец Иоанн хотел возвести небольших размеров храм, однако той огромной суммы, которую пожертвовали на строительство достопочтенные городские жители, оказалось достаточно для того, чтобы возвести большое, величественное и красивое здание. Автором проекта стал известный российский епархиальный архитектор Николай Никонов. Участок земли, на котором ныне возвышается храм, пожертвовал почётный гражданин Санкт-Петербурга Семён Раменский. Наблюдала за строительными работами, которые продолжались в течение двух лет, духовная дочь отца Иоанна — Анна Семёновна Сергеева.

Иоанновский монастырь открыл двери своим прихожанам в 1902 году. Первое, что поспешил предпринять отец Иоанн — обратился к митрополиту Санкт-Петербурга Антонию с просьбой разрешить назвать новый храм Санкт-Петербургским женским монастырем Двенадцати Апостолов. Однако Антоний склонялся к другому варианту — он предложил назвать обитель в честь преподобного Иоанна Рыльского. Отцу Иоанну ничего не оставалось, кроме как согласиться.

Назначив матушку Ангелину (в миру Анну Сергееву) настоятельницей монастыря, отец Иоанн благословил святую обитель на долгую службу верующим, проживающим в Санкт-Петербурге и его окрестностях. Прошло совсем немного времени, и Иоанновский монастырь стал известен как вторая по величине женская обитель Северной Пальмиры. Сам же отец Иоанн лишь периодически посещал монастырь, но он часто говорил всем своим приближённым, что ему очень нравится отдыхать на территории обители. Личные покои отца Иоанна находились на втором этаже храма.

С приходом советской власти монастырь стал функционировать лишь частично: большая часть здания была переоборудована под трудовую артель, а священнослужители были привлечены к уголовной ответственности за религиозную деятельность. Лишь после распада Советского Союза, в конце XX столетия в Иоанновском монастыре были возобновлены богослужения.