Буддизм получил своё распространение в России сравнительно недавно. Первые упоминания о буддистах в стране датированы XVII столетием. Согласно же официальной статистике, в середине XIX столетия в городе проживал всего один буддист, к концу века их стало 75, а накануне Первой мировой войны число выросло до 184.

Буддийский храм в Петербурге был основан стараниями Агвана Лобсана Доржиева — посланника XIII Далай-ламы. Получив разрешение на возведение святыни, Агван в 1909 году купил участок земли на северной окраине города в тихом и уединённом месте, и уже через четыре года дацан открыл двери под именем «Гунзэчойнэй», что в переводе с тибетских языков означает «источник Святого Учения Будды, который сострадает всему живому». Само же слово «дацан» переводится как «монастырская школа».

К несчастью, храм был построен в неспокойное время. Начало XX столетия с его государственными переворотами, практически не прекращавшимися военными действиями и Красным террором — одна из самых кровавых и печальных страниц в истории страны. Поэтому монахи-буддисты, смысл жизни которых заключается в добром отношении к ближнему и стремлении к душевному равновесию, покинули храм, не выдержав творящегося вокруг хаоса. В 1919 году строение было разграблено.

Некоторое затишье в жизни буддистов наступило в середине 1920-х годов. Однако новый виток несчастий не заставил себя долго ждать, ведь деятельность храма противоречила советской идеологии, согласно которой любая религия, будь то буддизм или православие, являлась «опиумом для народа». В итоге буддисты Северной столицы опять подверглись гонениям, часть была сослана в сибирские лагеря для политзаключённых или же расстреляна. В здании святыни человеколюбия стараниями властей в разные годы размещались лаборатория Института зоологии АН СССР, база физической культуры и военная радиостанция. Лишь спустя несколько десятилетий в 1990 году храм был возвращён обществу буддистов.