Алексей Балабанов умер 18 мая 2013 года от острой сердечной недостаточности. Последние дни он провёл в санатории «Дюны» в Ленинградской области, где работал над новым сценарием.

Режиссёра похоронили на Смоленском кладбище, где находятся могил многих известных личностей. Поклонники творчества Балабанова говорят, что его могила отличается скромностью и неприметностью. Там нет никаких памятников или монументов, поскольку режиссёр отличался простотой и хотел, чтобы всё было, «как у людей». По словам его друзей, он сам просил после смерти поставить на его могиле лишь деревянный православный крест.

Поклонники творчества Алексея Балабанова уверены, что памятник режиссёр воздвиг себе ещё при жизни — это его фильмы, среди которых «Про уродов и людей», «Груз 200», две части «Брата», «Жмурки».