С момента основания монастыря здесь покоились останки бояр Романовых – предков династии русских царей. В этом месте нашли последний приют на земле Роман Захарьин и его дети, великая государыня инокиня Марфа, дочь Михаила Федоровича царевна Ирина и многие другие представители августейшего рода.

Во время войны 1812 года обитель была сначала разграблена наполеоновскими солдатами, а затем пострадала от пожара. Примечателен тот факт, что прежде чем бежать, французские мародеры сделали подкопы под монастырем, чтобы его взорвать, но не успели – появление русской армии разрушило планы неприятеля.

С 1918 года монастырь был закрыт, в его помещениях располагался концлагерь, затем тюрьма для женщин, а после исправительно-трудовой лагерь для политзаключенных. Еще через пятнадцать лет большевики уничтожили некрополь, где обрели покой государственные деятели и церковные служащие. В 1935 году здесь организовали картофелехранилище и склад мебельного конфиската, а также жилые помещения для малоимущих. Внутреннее убранство было снято, а пространство обители обезображено временными перегородками.

В 1950-е годы без постороннего вмешательства упал щит с советским лозунгом «Дома культуры вместо монастырей», который находился непосредственно над входом в усыпальницу бояр Романовых. После этого обрушения открылся вид на мозаичный образ Спасителя Нерукотворного. В марте 1991 года патриарх Алексий Второй в главном храме благославил на возобновление служб.