Марфо-Мариинскую Обитель Милосердия основала княгиня Елизавета Фёдоровна. После того, как её муж князь Сергей Александрович трагически погиб в результате террористического акта на одной из улиц Москвы, безутешная вдова приняла решение навсегда удалиться от мирской жизни и посвятила оставшиеся годы служению Богу и помощи всем нуждающимся.

Великая княгиня решила поступить так же, как поступили когда-то, судя по библейским легендам, труженица Марфа и молитвенница Мария — сёстры Лазаря, которого чудесным образом воскресил Иисус Христос. Елизаветой Фёдоровной был разработан Устав, в соответствии с которым её предназначение заключалось в помощи больному и бедному люду и утешении тех, кто находился в скорби и печали. Деяния Марфы и Марии стали прообразом деятельности будущей Обители.

Создавалась святая Обитель на протяжении двух лет. Елизавета Фёдоровна продала всё своё имущество и драгоценности и приобрела большую усадьбу на Большой Ордынке. Все строения, которые там находились, были перестроены и переоборудованы. В Обители появилась больница с просторными палатами, операционная, перевязочная и ванная. Здание домовой церкви (больничного храма) освятили во имя святых Марфы и Марии.

В 1912 году в Обители вовзели собор Покрова Пресвятой Богородицы — впоследствии одна из главных достопримечательностей Москвы. Сама же настоятельница Обители проживала в доме, примыкающем к зданию больничного корпуса. Рядом располагалась аптека и амбулатория. Кроме того, на территории находилась Воскресная школа, в которой проходили обучение женщины.

Официальное открытие Марфо-Мариинской Обители состоялось 10 февраля 1909 года. Через некоторое время Елизавета Фёдоровна приобрела ещё один участок, что позволило значительно расширить территорию общины и возвести трёхэтажный корпус.

С приходом советской власти дальнейшая судьба Великой княгини сложилась трагически. В 1918 году женщину, целью жизни которой была помощь ближнему, арестовали большевики. Через два месяца допросов, зверских пыток и издевательств она была сброшена в шахту вместе с представителями семьи Романовых.

Памятник основательнице обители открыли в 1990 году. Богослужения в храме восстановили в 1992 году. В 2008 году началась реставрация зданий и помещений обители.

Сегодня в Обители проходит благотворительный День белой ромашки, посвящённый борьбе с туберкулёзом. Собранные на празднике деньги передают нуждающимся в приюты и больницы. В Обители действует приют для девочек-сирот, патронажная служба и медицинский центр для тяжелобольных детей и детей с ДЦП.