Церковь Святой Живоначальной Троицы в Никитниках создана купцами из Ярославля в Китай-городе. Деревянная церковь, которую посвятили мученику Никите, была здесь с XVI века. Просуществовала она до 1620 года: как и в случае со многими деревянными домами, здание сгорело, и ярославский купец, который проживал поблизости, соорудил новую постройку — на сей раз она была из камня. Но вот точную датировку — был ли это 1631, 1634 или 1653 год — никто не знает.

Южная часть храма была посвящена Никите Мученику, и именно здесь разместили икону из уничтоженной церкви. В храме находился список Грузинской иконы Богоматери, посвящённый избавлению города от мора. Потому было у храма и другое название: церковь Грузинской Богоматери. Оно сохранилось, а чуть позже отразилось в имени соседней улицы — Грузинской. В 1920 году храм, как и многие церкви, попавшие в горнило революции, закрыли. В 1934 здание отошло Государственному историческому музею, и тут существовали два музея: первый был посвящён Симону Ушакову, а второй — древнерусской живописи. Затем музеи закрыли, а в 1991 году церковь вернули православным верующим.