Некогда набережная объединяла две исторические местности — Берсеневку и Болото. Построили её ещё в XVIII веке, во времена строительства Водоотводного канала. Своё название набережная получила из-за того, что во время весеннего половодья эту территорию регулярно затапливало и она превращалась в болото.

Болотная набережная была местом, где размещались лавки столичных купцов, а позже были построены крупная электростанция (именно она обеспечивала электричеством Храм Христа Спасителя) и завод Эйнем (ныне «Красный Октябрь»). Так это место приобрело своё хозяйственное и промышленное значение.

Новая история Болотной набережной началась в конце ХХ века. В 1999 году район решили реконструировать, многие пришедшие в негодность здания снесли, а территорию благоустроили. Сейчас это место представляет собой очень живописный уголок в центре Москвы, вполне подходящий для романтических прогулок.