Впервые эта монастырская обитель упоминается в документах 1635 года. Название монастыря объясняется тем местом, где он был построен — за находящимся до середины XVII века в [Китай-городе](http://kudago.com/msk/place/rajon-kitaj-gorod/) иконным рядом. Этот монастырь также назывался «учительским», поскольку здесь открылась школа, впоследствии ставшая училищем. До начала 1800-х годов тут располагалась Славяно-греко-латинская Академия, в которой учились многие известные деятели науки и искусства: Ломоносов, Баженов и другие. Главный монастырский храм — знаменитый Спасский собор — неоднократно перестраивался, а сохранившееся до наших дней строение воздвигли в 1720 году. Заиконоспасский монастырь разграбила вошедшая в Москву в 1812 году армия Наполеона.

После Октябрьской революции монастырь был закрыт, колокольня снесена, и до 1960-х годов на монастырской территории находились самые разные организации. После проведения реставрации Спасского собора крест на куполе заменили покрытым позолотой штырём. В наши дни здесь проводятся службы, а на территории монастыря открыта воскресная школа.