Когда-то на этом месте были болота, но постепенно их осушили. Реку Рачку, которая тут протекала, пересекли стены Белого города, а у стен образовался пруд. Сначала его называли Поганым, существует несколько версий происхождения этого названия. Многие считают, что оно происходит от слова paganus, что означает «язычник».

Эта история связана с боярином Кучкой, который недостаточно почтительно отнёсся к основателю Москвы, Юрию Долгорукому, за что и был сперва убит, а потом утоплен в пруду. Исторически подтверждённый факт: казни на месте Чистых прудов были, но во времена Ивана Грозного. По приказу царя на этом месте жестоко мучили и казнили 120 бояр.

Но самая распространенная версия связана с тем фактом, что раньше у Поганого пруда были мясные ряды. Вся Москва приезжала к скотобойням (кстати, располагались они на улице с говорящим названием — Мясницкая). При разделке мяса ненужные части, которые не шли на продажу, мясники скидывали прямо в водоём. Этот факт не мог не возмутить князя Меньшикова, жившего неподалеку. Он распорядился пруды вычистить. После этого название «поганый» исчезло, и пруды стали Чистыми.

В 1911 году именно на льду Чистых прудов тренировались чемпионы мира по фигурному катанию. К 1960 году пруд обустроили, открыли лодочную станцию. Зимой здесь катаются на коньках, а ближе к лету на небольшой территории у памятника Грибоедову собираются представители неформальных субкультур.

На Чистопрудном бульваре часто проходят фотовыставки под открытым небом. Неподалёку находится океанариум.