Здесь же в монастыре были размещены мощи святого князя Александра Невского. Летом 1710 года на территории лавры был установлен деревянный крест — эта дата и считается началом строительства монастыря.

Спустя два года здесь появились первые деревянные строения — Благовещенская церковь и часовня, вокруг которых возникла монастырская слобода. Через год церковь освятили, её настоятелем стал архимандрит Феодосий.

Для удобства от монастыря до Новгородского тракта монахами была проложена дорога, которая впоследствии стала частью Невского проспекта.

Пётр I кроме духовного монастыря предполагал устроить здесь приюты для инвалидов и душевнобольных, но открыты они не были. В 1720 году при монастыре открыли типографию, а спустя год — школу, которая позже стала Духовной академией. Здесь учились композитор Пётр Турчанинов и Иоанн Кронштадтский. В 1716 году на территории монастыря было основано Лазаревское кладбище и построена церковь Святого Лазаря.

К XX столетию на территории Александро-Невской лавры располагалось 16 церквей. В советское время комплекс как памятник архитектуры был взят под охрану государства. Из церквей были изъяты ценности, часть которых была передана Эрмитажу, в 1933 году церковь была закрыта. Лавра была поделена на отдельные помещения, где размещались музей, мастерские и почта.

В послевоенные годы помещение церкви было передано Музею городской скульптуры. И только в апреле 1956 года Свято-Троицкий собор возвращён церкви. В Благовещенской церкви прошла реставрация в 1988 году, спустя год мощи Александра Невского вернули в Свято-Троицкий собор.